События игры происходят между Half-Life и Half-Life 2: Аликс Вэнс и ее отец Илай возглавляют раннее сопротивление против Альянса и жестокой оккупации Земли. Как главному герою, вам предстоит поднять восстание.

Вы и ваш отец были переселены в Сити-17. Спустя годы вы продолжаете подпольную научную деятельность – проводите важнейшие исследования и создаете инструменты для тех немногих, кто осмелился бросить вызов Альянсу.

Каждый день вы узнаете о враге что-то новое и каждый день ищете его уязвимости.